再び闘いの舞台へ――

＜STORY＞
千年パズルを完成させたことにより、≪闇遊戯≫という、もう1人の人格を呼び覚ました武藤遊戯。

海馬コーポレーションの社長にして決闘者（デュエリスト）の頂点に君臨する海馬瀬人や、仲間たちと数々の死闘を繰り広げたが、過去の因縁により、もう1人の自分との戦いを余儀なくされ、遊戯と闇遊戯はついに決別し、別々の道へと旅立つこととなった――。

そうして、闇遊戯との最後の決闘を終えて、日常を取り戻したかに見えた遊戯たち。
その前に現れた謎の少年≪藍神（あいがみ）≫。
そして、世界中で次々と起こる謎の失踪事件。
ただひたすら千年パズルを探し求める海馬。

すべてのピースが合わさるとき、再び決闘（デュエル）の幕が切って落とされる！